蛋白质组学分析(蛋白质的蛋白质组学研究，这个够经典！)
作者:盛大师
今天的大学老师用protein的文章做群学，技术上轻松填了博士毕业期刊oncotarget(除了自己的水平，还看很多其他方面，知道的都知道)。
在正文开始之前，推荐一本书和一篇关于蛋白质组学的综述。书是冷泉岗蛋白质组学实验手册，适合完全不懂零基础的初学者。综述是化学综述中鸟枪/自下而上蛋白质组学的蛋白质分析(影响因素40多个，化学更高水平)，适合有一定基础的人。
好了，现在让我们言归正传，什么是蛋白质组学，蛋白质组学不仅包括蛋白质的鉴定和定量，还包括确定它们的定位，修饰，相互作用，活性，以及最终它们的功能。
我们主要讲蛋白质的鉴定和定量，引出两种文章。之一种是尽可能识别细胞或组织中的所有蛋白质，与分析化学无关。第二个是差异蛋白质组学，旨在通过寻找各种因素引起的蛋白质表达差异来解释细胞的生理和病理机制。
从医学的角度来看，蛋白质组学的整个实验过程简单易懂。之一步是分离不同组织或细胞样本之间的蛋白质，第二步是对蛋白质进行鉴定和定量，找出表达差异显著的蛋白质。第三步，在此基础上选择蛋白质的优优资源网进行验证，最后分析信息生成(优优资源网如下图所示)。
有两种不同的分离工艺，之一种是top Youyou资源网——down(蛋白质直接分离)，主要技术是双向电泳(不推荐，很麻烦)。第二种是button-up(蛋白质酶解得到的多肽)，主要技术是LC。
今天，我要谈谈自上而下。这篇文章发布在oncotarget上，标题如下
预测接受新辅助放化疗的直肠癌患者肿瘤反应的蛋白质簇的鉴定
背景我就不说了，快速看一下总结，看看怎么做。
1.通过比较差异蛋白的表达找到预测疗效的生物标志物。
2.根据疗效设置三组比较差异表达蛋白，采用二维荧光差异凝胶电泳(2D-DIGE)进行分离和定量。
3.通过2D凝胶图像分析软件，发现30个差异表达的蛋白点，其中16个点在TRG1-2和TRG3中差异显著，14个点在TRG1-2和TRG4中差异显著。作者用这里的30个点作为主成分分析的降维参数，发现TRG3和TRG4都可以很好地与TRG1-2分离。
此外，分析了30个斑点在正常和癌组织中的表达。
发现TRG3和TRG4与TRG1-2中四个蛋白点(377、471、683和684)的表达显著不同。正常组织和癌组织中41、683和684位点的表达有显著差异。
4.将蛋白酶切割成多肽，用纳米lc分离，再用生物质谱鉴定蛋白质。
5.鉴定出的候选蛋白质由另一组患者验证，最后用STRING分析蛋白质相互作用。
本文思路简单，分离-鉴定-验证分析，是双向电泳进行差异蛋白质组学分析的经典文献，值得参考。
